Năm 1055, vua Đại Seljuk là Toghrul Bey tiến về Bagdad, và được khalip nhà Abbas đón tiếp. Tuy nhiên, nhưng Toghrul và con cháu chỉ lấy danh hiệu sultan và vẫn tôn các vua Abbas làm khalip. Dù vậy, trên thực tế, nhà Abbas không còn tồn tại.

Năm 1258 đế quốc Mông Cổ dưới quyền của Húc Liệt Ngột Khả Hãn tấn công Bagdad và xử tử khalip Al-Mustasim của nhà Abbas. Tuy nhiên, bước tiến của quân Mông Cổ bị sultan Ai Cập chặn đứng trên đất Palestine (trận Ain Jalut). Năm sau, sultan Ai Cập cho rước một hậu duệ của nhà Abbas về tôn làm khalip ở Cairo. Trong thời gian này, các vị khalip chỉ giữ vai trò về dẫn đầu nghi lễ và một vài vấn đề tôn giáo. Triều đại Abbas ở Cairo sụp đổ năm 1517 sau khi khalip Al-Mutawakkil III bị sultan của đế quốc Ottoman là Selim I bắt phải nhường chức khalip.